Shaolan, fils adoptif de Fujitaka, un archéologue, fait des fouilles dans le désertique pays de Clow, où il découvre des vestiges mystérieux. Mais lorsque son amie d'enfance, dont il est amoureux, Sakura, princesse du royaume, s'en approche, elle semble aspirée par une forte puissance magique. Shaolan la retient, mais les souvenirs et l'âme de Sakura s'envolent, dispersés à travers les dimensions, sous forme de plumes.

Yukito, grand prêtre du royaume, transporte alors Shaolan et Sakura dans une autre dimension où vit Yūko, la sorcière des dimensions capable d'exaucer n'importe quel vœu. Prêt à tout pour sauver Sakura, dont le corps sans mémoire ne survivra pas longtemps, Shaolan accepte le prix à payer, imposé par Yūko : il pourra récupérer tous les souvenirs de son amie mais leur rencontre et tout ce qu'ils ont vécu ensemble disparaitra de la mémoire de Sakura à son réveil.

Aidé par Kurogane, envoyé par la princesse Tomoyo afin de canaliser ses pulsions meurtrières, Fye, qui fuit son Monde d'origine, et Mokona Modoki, une « boule de poil blanche» qui leur permet de contacter Yūko en cas de problème et de se déplacer à travers les dimensions, Shaolan va se mettre en quête des souvenirs de Sakura.

Mais ceux-ci renferment une immense puissance qui attire de nombreuses convoitises…

                                                                                                                                     Archéologue aux tendances chevaleresque quand Sakura semble en danger. Il a été adopté par Fujitaka, qui lui a fait aimer l'archéologie (étant archéologue lui-même), mais ses parents biologiques sont inconnus. Fujitaka est décédé avant le commencement du 1er tome. Shaolan et Sakura sont de très bons amis d'enfance et sont amoureux l'un de l'autre. Shaolan était présent lorsque les fragments de la mémoire de Sakura se sont dispersés. Voulant aider Sakura a tout prix, le prêtre Yukito l'envoya chez la Sorcière des dimensions (Yuko) pour que celle-ci lui donne le moyen de la sauver. En contrepartie, le prix à payer fut son lien avec Sakura, la chose la plus chère à ses yeux.

                                                                                                                                                                                                                                                                                               Sakura est la princesse du monde de Clow où son frère, Tôya, est roi. Elle est aussi très appréciée de son peuple et a apparemment bonne influence sur celui-ci. L'histoire de Tsubasa Chronicle ne commence que lorsque la mémoire de Sakura se transforme en une paire d'ailes faite de plumes qui se dispersent à travers les dimensions.

                                                                                                                                       Magicien venu du lointain pays de Celès, un monde de glace. Son sourire est aussi mystérieux que son passé. Il cède à Yūko son tatouage pour pouvoir voyager à travers les dimensions. Comme il a un nom à rallonge, il se fait appeler Fye. Il fuit son propre monde, après avoir plongé le roi Ashura dans un profond sommeil et l'avoir enfermé sous l'eau. Il est le créateur de Tchii et a chargé celle-ci de le prévenir au réveil du roi. Il acceptera d'aider Shaolan dans sa « quête ».

                                                                                                                                           Guerrier venu d'un Japon féodal, il grogne plus qu'il ne mord. Il cède à Yūko son sabre : Dragon d'Argent. Il protège lui aussi une princesse : Tomoyo, son seul et unique maître. Malgré cela, Tomoyo envoie Kurogane chez Yūko pour qu'il apprenne ce qu'est la vraie force et qu'il cesse de tuer sans raison. Avant qu'il ne disparaisse, Tomoyo lui lance un sort qui a pour but de réduire sa force de moitié s'il tue quelqu'un. Il finira aussi par aider Shaolan, au début seulement pour retrouver son monde plus rapidement, puis il se prendra d'affection pour le jeune garçon. Il est continuellement en dispute avec Fye et Mokona.